Сергей Евгеньевич Нарышкин родился 27 октября 1954 года в Ленинграде. Окончил Ленинградский механический институт по специальности «инженер-радиомеханик», а затем Петербургский международный институт менеджмента по специальности «экономист».
Работал в аппарате экономического советника посольства СССР в Бельгии в качестве эксперта Государственного комитета по науке и технике.
В 1992-1995 возглавлял один из отделов комитета по экономике и финансам администрации Санкт-Петербурга.
1995-1997 — начальник отдела внешних инвестиций Промстройбанка в Петербурге.
1997-1998 — начальник департамента инвестиций правительства Ленинградской области.
1998-2004 — председатель комитета по внешнеэкономическим и международным связям правительства Ленинградской области.
В феврале 2004 стал заместителем начальника экономического управления президента РФ, затем замруководителя аппарата правительства РФ.
С 13 сентября 2004 — руководитель аппарата правительства РФ.