После достижения нормального подпорного уровня (НПУ) площадь зеркала водохранилища составит 232,6 тысяч га, его полный объем - 58,2 кубических километров. Водохранилище затронет территорию Красноярского края и Иркутской области.
Заполнение ложа Богучанского водохранилища началось в мае 2012 года, когда было перекрыто последнее временное донное отверстие в бетонной плотине, через которые проходила река в период строительства станции. После этого водоток Ангары был переведен на эксплуатационный водосброс №1 и уровень водохранилища начал постепенно расти.
Как именно осуществлялась подготовка ложа водохранилища, какие моменты были учтены при проведении работ? По закону, все водные объекты, в том числе водохранилища, находятся в федеральной собственности. Финансирование подготовки ложа водохранилища к наполнению осуществлялось за счет средств федерального бюджета Российской Федерации, а также бюджетов тех регионов, на котором будет располагаться этот водный объект - Красноярского края и Иркутской области.
Ключевой задачей при подготовке водохранилища к наполнению являлось максимально качественное проведение работ в ложе в соответствии с требованиями экологической безопасности. Не менее важно было соблюсти правительственные поручения по обеспечению качества питьевого водоснабжения тех населенных пунктов, которые прилегают к затапливаемой зоне. Были проведены масштабные работы по санитарной очистке ложа, лесосводке и лесоочистке.
Лесосводка высококачественной (товарной) древесины в ложе затопления была произведена еще в 1980-х годах. Лесоочистка была не полной, но, вместе с тем, она в обязательном порядке проводилась на тех участках, которые примыкают к населенным пунктам, трассам судовых ходов и т.д. Это решение было обоснованным. Как показали независимые исследования, те объемы древесины, которые подлежат затоплению, не оказывают существенного влияния на качество воды. Такие выводы эксперты сделали на основе научной работы «Прогноз качества воды в водохранилище и нижнем бьефе Богучанской ГЭС», подготовленной Институтом леса им. Сукачева СО РАН и Институтом водных и экологических проблем ДВО РАН. Эти выводы подтверждаются опытом эксплуатации водохранилищ как в России, так и за рубежом (например, в Канаде), где полная лесоочистка также не производилась.
Еще одним направлением работ в рамках подготовки водохранилища к затоплению стало выполнение плана по переселению жителей. Изначально проект предусматривал переселение 12 тысяч человек, в большей степени эта задача была реализована еще в советское время. Впоследствии план был уточнен. Для того, чтобы обеспечить переселенцев жильем, региональные власти построили новые квартиры (так, в Красноярском крае почти 5 тысяч переселенцев получили новое жилье в городе Кодинске). Переселение из населенных пунктов, находящихся в зоне затопления в Красноярском крае, было завершено летом 2012 года. А в Иркутской области переселение ведется в настоящее время.
Большое внимание было уделено санитарной подготовке ложа водохранилища, в частности работам на кладбищах и скотомогильниках. По заявлениям родственников было осуществлен перенос захоронений с кладбищ в зоне затопления. Существующие скотомогильники были исследованы на наличие спор сибирской язвы (результаты анализов не подтвердили их наличия), дезинфицированы и забетонированы.
Конструкция Богучанской ГЭС. Инфографика 
У комиссии по СШ ГЭС есть вопросы к Чубайсу 
Могут ли мирно сосуществовать гидроэнергетика и живая природа? 
Самые мощные гидроэлектростанции России. Инфографика 
Энергия отношений. Россия начала строительство гидроэлектростанций в Киргизии 
