Президент России Дмитрий Медведев упразднил Роснауку и Рособразования и передал их функции министерству образования и науки РФ.
Процесс ликвидации федеральных агентств, созданных в 2004 году с внедрением в рамках административной реформы трехуровневой схемы министерство-служба-агентство, начался еще в 2005 году. Уже на следующий год после реформы, в октябре 2005 года, федеральные власти ликвидировали Россельхоз, чьи функции были переданы в вышестоящий Минсельхоз. С тех пор схема передачи агентстких функций в вышестоящие министерства использовалась не раз: в результате было ликвидировано около десятка агентств, хотя параллельно продолжается процесс создания новых федеральных органов исполнительной власти с таким статусом — например, Росрыболовство и Росмолодежь появились всего пару лет назад.
После административной реформы, в результате которой в России появились федеральные агентства, из схемы федеральных ведомств, в частности, исчезли такие агентства, как Роспром, Росстрой, Росэнерго, Росспорт, Роскультура, Росмедтехнологии и РосОЭЗ. При этом не все агентства ликвидировались с передачей функций в министерства: федеральный центр также использует вариант укрупнения ведомств за счёт их слияния. Например, Роскартография и Роснедвижимость были ликвидированы с передачей функций вновь образованному Росреестру, получившему функции также упраздненной Росрегистрации.
Есть и случаи ликвидации агентств в связи с созданием профильных государственных корпораций: Росатом, имевший статус федерального агентства, был ликвидирован в связи с образованием на его базе одноименной госкорпорации.
Упразднены Росздрав и Росмедтехнологии 
