Ученые из университета Кембриджа смоделировали трехмерную карту генома млекопитающих в отдельной клетке, пишет журнал Nature.
Модель показывает, как вся ДНК мыши свернута внутри клеточного ядра.
Ученые отмечают, что хромосомы и отдельные участки цепочек ДНК взаимосвязаны друг с другом через белки, поэтому геном создает плотные трехмерные структуры. При этом они не являются постоянными, от чего зависит, какие гены будут активны в тот или иной момент времени.
Биологи использовали Hi-C метод, чтобы установить пространственную организацию белков. Для фиксации контактирующих участков ДНК при этом используется формальдегид. После этого ДНК разрезается с образованием фрагментов, каждый из которых состоит из двух связанных белками цепочек. Затем цепочки каждого фрагмента соединяются друг с другом концами, чтобы установить их нуклеотидную последовательность.
Ученые проанализировали пространственную организацию генома у восьми эмбриональных стволовых клеток мыши с одинарным набором хромосом. Обнаружено, что ДНК образует ряд очень плотных структур. Исследователи построили 3D-модель генома, в которой демонстрируется расположение контактирующих энхансеров с промоторами, а также ламин‑ассоциированных доменов — участков хромосом, взаимодействующих с ядерной мембраной.
