Алексей Васильевич Гордеев родился в 1955 году во Франкфурте-на-Одере в Германии. Проходил службу в армии, окончил Московский институт инженеров железнодорожного транспорта, затем Академию народного хозяйства при Совмине СССР по специальности «ведущий специалист управления». Кандидат экономических наук.
В 1980 году был главным прорабом СУ-4 Главмосстроя.
1981-1986 — занимал в Главснабе Минплодоовощхоза РСФСР должности от главного специалиста до заместителя начальника.
В 1986 стал заместителем начальника Управления производства и распределения тары Госагропрома РСФСР.
1986-1992 — заместитель гендиректора агропромышленного комбината «Москва».
1992-1997 — заместитель главы администрации Люберецкого района Московской области.
1997-1998 — начальник Департамента экономики, член коллегии Минсельхозпрода РФ.
В том же 1998-м стал первым заместителем министра сельского хозяйства и продовольствия РФ, а в 1999-м — министром сельского хозяйства и продовольствия.
В 2000 назначен заместителем председателя правительства РФ.
9 марта 2004 года назначен Министром сельского хозяйства Российской Федерации.