Сергей Иванович Шматко родился 26 сентября 1966 г. в г. Ставрополе.
В 1983-1990 гг. учился на математико-механическом факультете, затем факультете политэкономии Уральского госуниверситета (Свердловск), а в 1990-1992 гг. — на факультете экономики университета г. Марбурга (ФРГ).
В 2004 г. окончил Высшие академические курсы Военной академии Генштаба ВС РФ по специальности “оборона и обеспечение безопасности Российской Федерации”.
В 1985-1988 гг. служил в соединении атомных подводных лодок на Северном флоте. С 1992 г. работал аудитором в BDO Binder (Франкфурт-на-Майне).
В 1994 г. стал директором RFI GmbH — Общества по консультированию по инвестициям в Россию, официального представителя РФФИ в Евросоюзе.
Июнь 1995 - декабрь 1997 — научный сотрудник Института проблем инвестирования, возглавлял управление внешних связей Всероссийского банка развития регионов.
1997-1999 — руководитель аналитического центра экономической стратегии “Росэнергоатома”.
1999-2001 — советник гендиректора ВНИИАЭС по экономической стратегии.
2002-2005 - председатель Государственного фонда конверсии.
С февраля по июнь 2005г. - советник председателя правления Газпромбанка, вице-президент ЗАО "Атомстройэкспорт".
С июня 2005г. - президент ЗАО "Атомстройэкспорт".
29 января 2008 г. С. Шматко был назначен заместителем директора ОАО "Атомэнергопром" и совмещал эту должность с должностью главы "Атомстройэкспорта".
12 мая 2008 года назначен министром энергетики РФ.