Аномальное количество снега в регионе во время весеннего паводка и резкий подъем воды, в результате таяния снега на Алтае могут стать причиной паводка редкой повторяемости в Новосибирске. Ежегодно паводковые воды принимает в себя Новосибирское водохранилище, которое не позволяет «большой воде», идущей с Алтайских гор, попадать в нижнее течение Оби в неконтролируемых количествах. При этом обеспечивается сразу несколько задач: производство электроэнергии Новосибирской ГЭС, обеспечение безопасности города во время половодья и накопление водных ресурсов на маловодный период.
Безопасным уровнем Оби для жилого сектора Новосибирска является 500 см, а для дачных участков, расположенных на берегах реки – 360 см. Обычно, такого уровня воды не удается достичь даже при увеличении сброса воды Новосибирской ГЭС. Однако, при сильных наводнениях, которые бывают раз в 20-25 лет – объем «большой воды» может превышать вместимость водохранилища. В этом случае Новосибирская ГЭС после заполнения водохранилища будет вынуждена пропускать вниз всю поступающую воду, что приводит к повышению уровня реки в черте Новосибирска, находящегося ниже гидроэлектростанции. В этом случае уровень воды в нижнем бьефе ГЭС может подняться свыше 6 метров.
После постройки Новосибирской ГЭС, в истории города были весенние паводки 1966 и 1969 годов, когда Обь в Новосибирске поднималась на 6,5-7 метров. Под водой тогда оказались Затон, набережная Речного вокзала, улица Большевистская, низины Первомайского, Октябрьского и Советского районов. Высокие уровни воды также отмечались в многоводный период 1969-1973 гг. и в 1979 г.
Весной 2013 года сильное половодье привело к затоплению десятков дачных участков на берегу реки в Советском и Первомайском районах Новосибирска.
О том, какие территории попадают в зону подтопления при повышенных сбросах Новосибирской ГЭС, с указанием критического уровня воды на нижнем бьефе станции - в инфографике Аиф.ru.
Амуру нужны новые ГЭС: эксперт о решении проблемы паводков 
5 основных методов борьбы с наводнениями. Инфографика 
Почему и как часто случаются наводнения? 
Если завтра потоп: как цепь водохранилищ защищает Поволжье от наводнений 
Застройка в зоне наводнения: кто виноват и как бороться? 
