23 марта 2001 года Ту-204 авиакомпании «Сибирь» вылетел из московского аэропорта Внуково в Новосибирск. Вскоре самолет начал резко терять высоту, и пилоты решили совершить аварийную посадку. На борту находились 61 пассажир и четыре члена экипажа,троих человек госпитализировали. У самолета могло отказать управление рулем высоты.
10 декабря 2001 года самолет Ту-204авиакомпании "Кавминводыавиа"аварийно сел в Красноярске. Он совершал рейс Хабаровск - Красноярск - Минеральные Воды, на борту были 93 человека – 20 членов экипажа и 73 пассажира. У самолета не убирались подкрылки, поэтому пилот решил выработать топливо и сесть. Никто не пострадал.
14 января 2002 года Ту-204 компании «Сибирь», который летел из Франкфурта-на-Майне, сел в Омске с неработающими двигателями и выкатился за пределы взлетно-посадочной полосы. На борту находилось 117 пассажиров и 22 члена экипажа, но никто не пострадал.
4 февраля 2002 года самолет Ту-204 авиакомпании "Красэйр", летевший из Красноярска в Москву, аварийно сел в Нижнем Новгороде. На борту лайнера были 160 пассажиров – юношеские сборные Норвегии, Швеции и Финляндии по хоккею с мячом, а также руководство Федерации хоккея с мячом РФ. Самолет выкатился за пределы взлетно-посадочной полосы, но никто не пострадал.
7 сентября 2002 года самолет, летевший из Новосибирска в Ганновер, совершил аварийную посадку в Омске из-за падения давления масла в двигателе. На борту находилось 155 пассажиров и 10 членов экипажа, пострадавших не было.
11 января 2007 года в Красноярске из-за отказа сигнализации в системе кондиционирования вынужденно сел Ту-204 с 154 пассажирами и 13 членами экипажа на борту. Этот самолет также перевозил 2297 килограммов груза. Экипаж и пассажиры не пострадали.
15 марта 2007 года пилот Ту-204, вылетевшего в Хабаровск из «Домодедово», принял решение вернуться в аэропорт из-за падения давления масла в двигателе. Из 142 человек, находившихся на борту, никто не пострадал при посадке.
3 августа 2008 года в Красноярске из-за отказа правого двигателя аварийно сел самолет Ту-204, следовавший из Санкт-Петербурга во Владивосток. На борту находилось 140 человек. Пострадавших не было.
25 апреля 2009 года летевший в Египет из «Внуково» Ту-204 совершил аварийную посадку в сочинском аэропорту «Адлер». Никому из 108 пассажиров и девяти членов экипажа медицинская помощь не потребовалась.
24 мая 2009 года из-за неисправности топливной системы в Краснодаре сел Ту-204, следовавший из Перми в Турцию. При посадке 206 пассажиров и 11 членов экипажа не пострадали.
5 сентября 2009 года во «Внуково» совершил аварийную посадку самолет Ту-204, который летел из Нижнего Новгорода в турецкую Анталью. У лайнера отказал двигатель. На борту было 208 человек, самолет сел благополучно.
21 сентября 2009 года в аэропорту Южно-Сахалинска аварийную посадку совершил Ту-204 из Владивостока. У самолета отказал правый двигатель. Пострадавших не было.
19 января 2010 года в Омске вынужденно сел Ту-204, вылетевший из Омска в Сочи. На борту были 217 человек – строители олимпийских объектов. У самолета не закрылись створки шасси. Ту-204 в течение трех часов выработал топливо и успешно сел.
30 января 2010 года у Ту-204, перевозившего участников Матча звезд ХКЛ отказал один из двигателей, лайнер аварийно сел в Минске.
В ночь на 22 марта 2010 года в районе аэропорта «Домодедово» совершил аварийную посадку Ту-204 авиакомпании «Авиастар» Ульяновских авиалиний. Лайнер летел в Египет. Самолет вернулся в «Домодедово» из-за того, что пилоты почувствовали задымление. Ту не долетел до взлетно-посадочной полосы, упал в лесу и разрушился. На борту авиалайнера находились восемь человек — члены экипажа, пассажиров на момент инцидента в самолете не было. Двум из них потребовалась госпитализация.
21 июня 2010 года в Екатеринбурге совершил аварийную посадку самолет со 116 пассажирами на борту, который летел из Москвы в Благовещенск. Один из двигателей самолета отказал, Пострадавших не было.
10 мая 2011 года Ту-204, выполнявший рейс из Самары в Анталью аварийно приземлился в Самаре из-за того, что после взлета у него не убиралось переднее шасси. 208 пассажиров и девять членов экипажа не пострадали. Позже пассажиров отправили в Турцию на другом самолете.
19 мая 2011 года лайнер Ту-204экстренно сел в Хабаровске. Он следовал по маршруту Благовещенск - Минеральные Воды. У самолета отказала система кондиционирования. Никто из 185 пассажиров не пострадал.
4 июня 2012 года в Хабаровске из-за отказа одного из двигателей сел Ту-204, направлявшийся в Петропавловск-Камчатский. После вынужденной посадки 77 пассажирам самолета медицинская помощь не понадобилась.
29 декабря 2012 года самолет Ту-204 авиакомпании RedWings выехал за пределы взлетно-посадочной полосы, после чего загорелся. На борту находились восемь человек, из них четыре человека погибли, еще четыре пострадали. Пассажиров на борту не было – только экипаж. Причины трагедии пока неизвестны.