Судьба Толоконникова сложилась парадоксально. Он любил своего отца, но при этом никогда в жизни его не видел. Высоко ценился режиссёрами и сыграл достаточно много ролей в кино, однако широкому зрителю запомнился ролью Шарикова в фильме Владимира Бортко «Собачье сердце». Как говорит сам режиссёр легендарной картины, ему повезло, что он встретил такого актёра, как Толоконников. «Он был человеком большого таланта, души и сердца», - говоритВладимир Бортко.
Пробиться в актёры для него оказалось непросто. 3 года он безуспешно штурмовал столичные театральные учебные заведения. При поступлении во ВГИК в приёмной комиссии ему честно объяснили, почему его не берут. «Вы, конечно, талантливы, это очевидно, но вот внешность у вас слишком уж специфическая, так что извините», - сказали педагоги. Толоконников не сдался. Он отправился в Куйбышев и устроился там в местный ТЮЗ. Проработав один сезон и сыграв более 10 ролей, Владимир Алексеевич всё же поступил в театральное училище, только не в столичное, как мечтал, а в ярославское.
Закончив обучение, Толоконников вернулся в родную Алма-Ату, где был приглашён в Республиканский Академический театр русской драмы им. Лермонтова, крупнейший театр Казахстана. Начинал с эпизодов, но никогда на это не жаловался. Именно этому театру в итоге актёр посвятил всю свою жизнь.
Сниматься в кино Толоконников начал в зрелом возрасте. Конечно, если бы не встреча с Бортко, он так бы и остался вне поля зрения кинорежиссёров. По странному совпадению судьбы, получив роль Полиграфа Полиграфовича в кино, в это же время он был утверждён на роль Шарикова в родном театре. На сцене эту роль Толоконников сыграл не менее блистательно, чем в кино, но совсем по-другому.
Успех фильма «Собачье сердце» превзошёл все ожидания. Картина триумфально прошла ещё по 32 странам мира и была включена в 100 лучших фильмов столетия. Однако после этого достойных ролей в кино Толоконникову долго не выпадало. Интересные предложения посыпались лишь в 2000-х. Накануне смерти актёр вернулся с очередных съёмок. «Он был замечательным человеком, о котором можно говорить очень много. В нашей памяти он будет жить, пока бьются наши сердца», - сказала племянница Владимира Толоконникова Галина Юркова.