В топливных элементах специальной батареи V Flow водород соединяется с атмосферным кислородом, и энергия, высвобождаемая в результате химической реакции, применяется для передвижения Honda FCX Clarity. Запуск двигателя может осуществляться при температуре до -30° C. Легкие батареи топливных элементов размещаются в центральном туннеле автомобиля между передними сидениями. Благодаря небольшим габаритам батареи, автомобиль удалось сделать с низкой посадкой.
Усовершенствованная конструкция предоставила больше возможностей для работы дизайнеров. Платформа четырехдверного седана FCX Clarity отличается короткой передней частью и просторным салоном. Основные узлы трансмиссии, электродвигатель, батарея топливных элементов, аккумуляторы и бак с водородом стали более компактными и размещены в автомобиле таким образом, чтобы оптимизировать пространство, увеличить комфорт и общую функциональность транспортного средства.
Сидения и двери автомобиля обиты специальной биотканью, разработанной на основе растительных волокон. При ее производстве выбросы углекислого газа в окружающую среду сведены к минимуму. Автомобиль оборудован навигационной системой с указанием места расположения станций, заправляющих водородом, камерой заднего вида, системой предотвращения и уменьшения последствий столкновений. Honda FCX Clarity, весом 1625 кг., способна разогнаться до 160 км/ч.
Honda возглавила "зеленое" движение: FCX Clarity признан самым экологически чистым авто 2009 года 
