В отчете Счетной палаты отмечается, что постановлением правительства был утвержден первоначальный состав наблюдательного совета АИЖК с участием представителей органов исполнительной власти, банковских и других структур. Однако затем состав набсовета был изменен, и в него не вошли представителей федеральных властей.
Также СП выяснила, что АИЖК не согласовало с Министерством финансов РФ перечень банков, на депозиты которых агентство имеет право размещать временно свободные денежные средства. При этом аудиторы считают, что согласовывать список банков должен наблюдательный совет.
Счетная палата также обращает внимание на то, что разработанный АИЖК проект долгосрочной стратегии развития ипотечного кредитования в России до сих пор не утвержден из-за разногласий с Минфином.
Претензии к АИЖК есть не только у Счетной палаты. В апреле думский комитет по финансовому рынку рекомендовал Госдуме обратиться в правительство с предложением ликвидировать недавно созданную Страховую компанию АИЖК. Депутаты отмечали, что страховая деятельность не является профильной деятельностью для агентства. При этом в уставной капитал компании внесено 1,5 миллиарда рублей бюджетных средств. Руководство АИЖК заявляло, что компания создается для ускоренного развития ипотечного страхования на рынке. Предполагается, что страховая компания будет работать по прямому страхованию заемщиков или работать на условиях перестрахования.
АИЖК было создано правительством РФ в 1997 году для развития рынка ипотечного кредитования. Основной деятельностью агентства изначально являлся рефинансирование закладных по ипотечным кредитам частных банков и помощь пострадавшим от кризиса заемщикам. Кроме того, агентство совместно с Фондом развития жилищного строительства реализует программу по достройке замороженного жилья эконом-класса.
С начала 2009 года разными способами (госкредит, увеличение уставного капитала, допэмиссия акций) агентство получило для поддержки рынка 120 миллиардов рублей. Также правительство предоставило агентству госгарантии в размере 36 миллиардов рублей для выпуска новых облигаций. В 2010 году ВЭБ должен выделить агентству 250 миллиардов рублей.
Удорожание ипотеки не остановит даже договор 
