Траты Министерства образования на программу 5-100 вызвали ряд вопросов у депутатов Государственной Думы, которые полагают в данной ситуации речь идет о неэффективном расходовании госсредств. 
Предложение провести парламентские слушания по тратам ведомства сегодня выдвинул депутат Владимир Бурматов («Единая Россия») во время обсуждений перспектив развития сети высших учебных заведений в стране.
По мнению Бурматова, некоторые расходы Министерства образования «напоминают обычную растрату, никак не связанную с заявленными целями». В частности, имеется в виду программа продвижения российских вузов в мировых рейтингах.
Задача заключается в том, чтобы 5 российских вузов попали в топ-100 лучших мировых учебных заведений, напомнил Бурматов.
«На эти цели Министерством образования уже потрачено около 30 млрд рублей без всякого видимого эффекта: ряд вузов демонстрирует отрицательную динамику в рейтингах, теряя позиции, а не набирая их», - констатировал парламентарий. По его словам, несмотря на миллиардные вливания, всего 2 вуза добрались до третей сотни рейтингов, не имея реальных перспектив попадания в топ-100.
Особое возмущение депутата вызвало расходование в рамках проекта 1 млрд рублей на нужды проектного офиса. Причем, как утверждает Бурматов, все траты осуществлялись по госзаданию, а не через торги.
Парламентарий отметил, что в адрес депутатов постоянно поступают многочисленные обращения от общественных и студенческих организаций, экспертов, а также представителей вузов с жалобами на низкую эффективность расходования Министерством образования бюджетных средств, предназначенных для поддержки российских высших учебных заведений. На заседание, если такое состоится, следует пригласить и представителей профильного ведомства, и аудиторов Счетной Палаты, депутатов, экспертов и, конечно, представителей учебных заведений.
