Отвечает Есения Павлоцки, лингвист-морфолог, эксперт института филологии, массовой информации и психологии Новосибирского государственного педагогического университета.
Правильно — чересчур, а черезчур и через чур — ошибочное употребление.
Для начала объясним, почему слово пишется именно так. Чересчур — это наречие меры и степени. Написание его через с обусловлено позицией перед согласным ч. Вы наверняка помните школьное правило, по которому перед звонким согласным в приставке мы пишем з, а перед глухим — с.
Ошибки в написании этого слова объясняются довольно просто. Слово чересчур не всегда было наречием: оно сконструировано естественным образом из сочетания предлога через и существительного чур. Сравните с сочетанием через край — именно такое раздельное написание и существовало прежде: через край, через чур. Слово чур, как предполагают ученые, произошло от индоевропейского *skeur — «резать» и слова чуръ — «межевой пограничный столб», откуда и есть значения мера, граница.
С течением времени сочетание через чур приобрело новый функционал, полностью совпадающий с ролью наречия. Именно поэтому элементы сочетания срослись и перешли в другую часть речи. Как только предлог через попал в рамки одного слова с существительным чур, на его написание стало действовать общее правило с позицией приставки перед глухим согласным.
Однако при этом предлог через не имеет морфемной роли приставки: в современном русском языке чересчур — это корень (то есть все слово полностью является корнем). Оттого и возникают вопросы, почему на него должно действовать правило написания приставки. Здесь нужно сказать, что переход происходил постепенно, поэтому часть корня через когда-то была приставкой, за счет чего и продолжает действовать это правило.
Итак, правильно — чересчур.
Новация или инновация — как правильно? 
Вовнутрь или во внутрь – как правильно? 
Распыляться или распаляться – как правильно? 
Невтерпеж или не в терпеж – как правильно? 
