Отвечает Есения Павлоцки, лингвист-морфолог, эксперт института филологии, массовой информации и психологии Новосибирского государственного педагогического университета.
Слово непонятно употребляется в качестве наречия и в значении сказуемого.
В качестве наречия: непонятно объяснять, рассказывать. Учитель объяснял тему непонятно.
В функции сказуемого: об отсутствии ясности в чём-либо, о невозможности понять, уяснить что-либо. Непонятно, что он хотел этим сказать.
Правило очень простое: мы всегда пишем слово непонятно слитно, кроме тех случаев, когда в предложении есть отрицание или противопоставление.
Сравните примеры ниже.
Нет отрицания и противопоставления:
Непонятно, как выполнять эту работу.
Как ему сказать, что мне это непонятно?
Есть отрицание или противопоставление:
Никому ничего не понятно.
Не понятно, а «так точно!».
Итак, правильно непонятно — всегда, если нет отрицания и противопоставления; не понятно — если есть отрицание или противопоставление.
Пережи́л или пе́режил — как правильно ставить ударение? 
Поначалу или по началу – как правильно? 
На слуху или наслуху – как правильно? 
Ей богу или ей-богу – как правильно? 
