Аппарат магнитно-резонансной томографии — мощный магнит, а использование магнитного поля и радиочастотных волн также может оказывать неблагоприятное воздействие на организм. Проведение МРТ-диагностики несовместимо с металлическими предметами, в том числе с теми, которые находятся внутри пациента: осколками, протезами и т. д. Врач должен точно знать размер и расположение, поскольку возможно их нагревание и смещение, что может привести не только к травмам и ожогам, но и к летальному исходу. Что касается стоматологических конструкций, то съемные должны быть извлечены, а несъемные — проверены медперсоналом. Решение о возможности исследования в таком случае принимается врачом индивидуально для каждого пациента. Абсолютным противопоказанием для проведения МРТ считается наличие кардиостимулятора и кохлеарного имплантата. Это связано с возможными нарушениями их работы.
Помимо этого, металлические предметы, которые попадают в зону исследования, искажают получаемые изображения. Поэтому, даже если исследование с конструкцией безопасно, оно может получиться низкого качества.
Однако медицинские сплавы и некоторые металлы являются слабомагнитными. Их наличие допускает прохождение магнитно-резонансной томографии при наличии у пациента или в истории болезни соответствующих сертификатов безопасности исследования в МР-томографах с этими имплантируемыми медицинскими изделиями.