Отвечает Есения Павлоцки, лингвист-морфолог, эксперт института филологии, массовой информации и психологии Новосибирского государственного педагогического университета.
Правильно писать вуз – все буквы строчные.
Многие допускают ошибку и пишут ВУЗ, поскольку считают, что аббревиатура – это сокращение, состоящее из прописных букв. На самом деле все гораздо сложнее: существует множество видов аббревиации, то есть сокращения.
Все аббревиатуры делятся на сложносокращённые слова (колхоз, комсомол, телесеть, беруши) и инициальные аббревиатуры (НЛО, загс (ЗАГС), СПИД). Сокращение вуз относится к аббревиатурам инициального типа.
Сложносокращённое слово — это слово, составленное из сокращённых начальных элементов (морфем) словосочетания.
Инициальные типы сложносокращённых слов — это слова, образованные путём сложения начальных букв слов или начальных звуков, в свою очередь подразделяются на аббревиатуры буквенные, звуковые и буквенно-звуковые.
Звуковые инициальные аббревиатуры, к которым относится и вуз, обычно пишутся прописными буквами, например, ООН, МИД, ОМОН, ГАИ, ГЭС. Но по традиции пишутся строчными буквами некоторые звуковые аббревиатуры: вуз, дот, дзот.
Отдельные звуковые аббревиатуры могут писаться и прописными, и строчными буквами, например, НЭП и нэп, ЗАГС и загс.
Ошибки в том, чтобы писать загс и вуз нет, поскольку сокращение как инструмент гораздо шире, чем мы привыкли думать – это не только прописные буквы, обозначающие начало каждого входящего в аббревиатуру слова.
Подобру поздорову или подобру-поздорову – как правильно? 
Красные, зелёные, чёрные чернила – как правильно? 
Их или ихний – как правильно? 
Испокон веку или веков – как правильно? 
Прожилков или прожилок – как правильно? 
