В 1941 году Вакарин был призван на службу в РККА. После окончания курсов младших лейтенантов Забайкальского военного округа его направили на Калининский фронт командиром взвода. В 1943 году Вакарин уже командир стрелковой роты.

3 октября его подразделение заняло деревню Сапцы на Смоленщине. Бойцы удерживали её в течение суток, отразив 5 контратак противника. Командир был тяжело ранен, но продолжал руководить боем.

Во время боёв под Витебском Вакарин получил ещё одно тяжёлое ранение. После выздоровления он продолжил воевать в составе 5-го гвардейского стрелкового корпуса 39-й армии 3-го Белорусского фронта. Во время освобождения Литовской ССР снова отличился, за что получил звание гвардии майора.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 4 июня 1944 года старшему лейтенанту Изоту Вакарину было присвоено звание Героя Советского Союза.

Сегодня его имя носят улицы в городах Демидов и Улан-Удэ.