В 1941 году, когда грянула война, вступил в ряды Красной армии, и его направили на обучение в Горьковское танковое училище. В боевых сражениях принимал участие с декабря 1942 года. Сражался в составе Юго-Западного и 1-го Украинского фронтов.

Командир роты 2-го танкового батальона 13-й гвардейской танковой бригады 4-го гвардейского танкового корпуса 1-го Украинского фронта.

В сентябре 1944 года в ходе Восточно-Карпатской стратегической наступательной операции перед его ротой командование поставило задачу: любой ценой захватить мост через реку Вислок. Чтобы эту задачу выполнить, гвардии старший лейтенант Спахов выдвинулся с тремя танками и десантом автоматчиков. При прорыве обороны танки ворвались в траншеи врага, расчистили путь к переправе, уничтожив большое количество живой силы противника, подавив 3 пулемётных гнезда, 2 противотанковые пушки и 5 автомашин с боеприпасами.

Не давая противнику опомниться, Спахов выдвинулся к мосту. Из своего танка он открыл огонь по прикрывающим мост противотанковым пушкам и пехоте врага, спешил десант, а двум танкам своей роты приказал на полном ходу ринуться на мост, выйти на южный берег реки и там подавить огонь. В течение 7 часов в чрезвычайно тяжёлой обстановке он с товарищами удерживал переправу, отбивая натиск гитлеровцев.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 10 апреля 1945 года гвардии старшему лейтенанту Спахову Фёдору Яковлевичу присвоено звание Героя Советского Союза.