Участник Великой Отечественной войны – с июля 1941 года. В конце июля 1942 года в составе 15-го гвардейского бомбардировочного авиационного полка участвовал в операциях Западного, Калининского, Сталинградского, Брянского фронтов. К маю 1945 года Козлов совершил 205 боевых вылетов, из них 178 – ночью в глубокий тыл врага.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 23 февраля 1948 года за отвагу и геройство, проявленные в годы Великой Отечественной войны, гвардии майору Козлову Михаилу Даниловичу было присвоено звание Героя Советского Союза.

После войны он продолжил службу в рядах ВВС. В августе 1947 года принял командование авиационным полком. В 1957 году окончил Военную академию Генштаба. С 1966-го – генерал-майор в запасе. Проживал в городе Рязани.