С мая 1941-го служил заместителем командира 44-го стрелкового полка 42-й стрелковой дивизии. Войну он встретил вне стен Брестской крепости в одном из домов комначсостава, расположенном за Северными воротами на улице Каштановой. В первые часы войны капитану Зубачёву удалось прорваться в Цитадель в казарму своего полка. 24 июня 1941 года в казарме 33-го отдельного инженерного полка состоялось совещание командиров и политработников, на котором было принято решение о создании сводной боевой группы Цитадели. Согласно Приказу №1, найденному в руинах крепости в 1950-м году, командование группой было возложено на капитана Зубачёва, его заместителем назначен полковой комиссар Фонин.
Спустя два дня часть казармы, где размещался штаб обороны, была разрушена. 26 июня Зубачёв был контужен и в бессознательном состоянии попал в плен. Ему пришлось пройти через ужасы фашистских лагерей.
В плену Иван Николаевич заболел туберкулёзом. Умер 24 июля 1944 года в концлагере Хаммельбург. Его имя увековечено в названиях улиц городов – Бреста, Минска, Луховиц.