С первого до последнего дня войны он был в строю. К августу 1941-го на боевом счету капитана Зайцева числилось 6 сбитых самолётов врага. Этот счёт намного увеличился за время боёв под Москвой, за что в начале 1942 года Василий Александрович получил первую звезду Героя.

Около двух лет Зайцев командовал 5-м гвардейским авиаполком. Именно там родилась «поющая эскадрилья», позднее увековеченная в фильме «В бой идут одни старики». За весь период Великой Отечественной войны полковник Зайцев ни разу не был сбит. Сам же он, совершив 427 боевых вылетов, лично сбил 34 немецких самолёта, и ещё 19 – в группе.

В своём авиаполку Василий Александрович создал собственную школу мастерства, разработал стройную систему обучения молодых пилотов искусству воздушного боя. Основной постулат состоял в том, что огонь по самолёту противника надо открывать только наверняка и только с короткой дистанции. Летом 1943-го он был награждён второй «Золотой звездой».

После войны Зайцев вернулся в родную Коломну, где добился восстановления закрытого в 1941 году аэроклуба. В 1957-1959 годах работал директором шиноремонтного завода.