Это он отвечал за то, чтобы армия была обеспечена новыми полевыми, зенитными и противотанковыми артиллерийскими системами, миномётами, современными образцами стрелкового вооружения, а также боеприпасами к ним. И как показала война, наше вооружение в большинстве своём превосходило нацистские аналоги, а боеприпасов под руководством Ванникова оборонные предприятия отправили на фронт более 1 млрд комплектов.
По некоторым сведениям, его фамилию в Указ Президиума Верховного Совета СССР от 3 июня 1942 года о присвоении звания Героя Социалистического Труда внёс лично Сталин.
Блестящий управленческий талант Бориса Ванникова и суровая школа войны оказались очень нужны при становлении отечественной атомной отрасли. 30 августа 1945 года он назначен начальником Первого главного управления (ПГУ) и председателем Научно-технического совета ПГУ при Совете народных комиссаров СССР, которые были образованы для координации всех научно-технических и инженерных разработок атомного проекта.
В стране, разорённой самой страшной в истории человечества войной, ему вместе с коллективом учёных предстояло наладить производство урана и создать атомную бомбу. Научные разработки должны были подкрепляться производственными решениями.
Академик Юлий Харитон считал его «блестящим инженером и прекрасным организатором».
«Ванников быстро сумел найти общий язык с большим коллективом учёных, возглавляемым И. В. Курчатовым, – писал он. – Его же влияние помогло быстро добиться того, что производственники приучились выполнять жесточайшие технологические требования учёных, требования, которые поначалу казались производственникам бессмысленно завышенными и практически невыполнимыми».
Для Ванникова на смену 4 военным годам героического труда пришли 4 не менее героических послевоенных года. Как и в оборонке во время войны, в атомном проекте трудились самоотверженно.
После того как атомная бомба была создана, стали делать водородную, потом появились мирные проекты – становление атомной отрасли продолжалось, и генерал-полковник инженерно-артиллерийской службы Ванников оставался у руля. В 1953-м образовалось Министерство среднего машиностроения – он был назначен первым заместителем министра. Здесь он проработал до марта 1958 года, когда ушёл на пенсию.
Его не стало в феврале 1962-го. Похоронен Борис Львович в Москве у Кремлевской стены.
«Высочайшая требовательность и настойчивость Бориса Львовича Ванникова в отношении тщательного документального фиксирования малейших деталей технологии и многократной проверки надёжности всех процессов иногда доводили то одну, то другую группу специалистов до полного изнеможения, – вспоминал Харитон. – Но его неистощимое чувство юмора и исключительная доброжелательность, которую он всегда проявлял, позволяли ему в самый трудный момент опять поднять настроение и помочь довести дело, которое
казалось трудным, до конца».