Часть федеральных министров подчиняется президенту напрямую. Так под началом Владимира Путина работают глава МЧС Владимир Пучков, руководитель МВД Владимир Колокольцев, министр иностранных дел Сергей Лавров, глава Минобороны Сергей Шойгу и Минюста Александр Коновалов.
А премьер-министру Дмитрию Медведеву подчиняются Минздрав, Минкульт, Минобрнауки, Минприроды, Минкомсвязь, Минпромторг, Минрегион, Минсельхоз, Министерство спорта, Минтранс, Минфин, Минэнерго, Минэкономразвития, Министерство труда и социальной политики, а также ведомство по развитию Дальнего Востока.
При этом все федеральные министры назначаются на должность и освобождаются от своих обязанностей президентом РФ по предложению премьер-министра.
Отметим, что в январе 2012 года сотрудники администрации президента, оценивая министров, посчитали, что ударно работают в основном те политики, которые подчиняются Владимиру Путину: глава МВД Владимир Колокольцев, министр обороны Сергей Шойгу, глава МЧС Владимир Пучков, министр иностранных дел Сергей Лавров и глава Минюста Александр Коновалов. Из «медведевских» министров в «ударники» попали только министр промышленности и торговли Денис Мантуров и министр финансов Антон Силуанов. При этом все «неэффективные» главы ведомств - министр по развитию Дальнего Востока Виктор Ишаев, глава Минобрнауки Дмитрий Ливанов, министр транспорта Максим Соколов, руководитель Минрегиона Игорь Слюняев и глава Минтруда Максим Топилин – работают под началомДмитрия Медведева.